La fondation du Cercle artistique et historique de Deinze date de 1928. Destinée originellement à rassembler des objets antiques et des documents, cette association ne tarda pas à acquérir également des oeuvres d'art. En ce temps, la ville de Deinze disposait déjà d'une collection considérable d'oeuvres réunies au cours des années, d'une part grâce à des donateurs, d'autre part grâce au Conseil municipal qui, depuis des années, avait prévu dans le budget communal une somme fixe destinée à l'achat d'oeuvres d'art.
Le projet de fonder un musée, déjà formulé de longue date, finit par prendre forme en 1941. Ce musée serait réservé à l'oeuvre des artistes de la région de la Lys et centré autour des artistes dits 'de Latem', qui avaient travaillé à Sint-Martens-Latem. L'acquisition par la municipalité de l'oeuvre magistrale 'La récolte des betteraves' d'Emile Claus, suite à la donation faite en 1942 par la veuve du peintre, fut un événement décisif.
Le 7 mars 1942 fut fondé le Musée municipal. Ce musée régional avec son projet spécifique était le premier musée de ce genre dans notre pays. L'Etat se montra même disposé à prêter au musée des oeuvres provenant des collections nationales. Le Cercle artistique et historique octroya le prêt de ses oeuvres d'art tout en conservant ses objets antiques et ses documents d'archives. Les collections de la ville de Deinze et celles du Cercle étaient exposées ensemble dans un bâtiment de style néogothique avoisinant l'église de Deinze.
La collection d'oeuvres d'art s'aggrandissant sans cesse grâce à de généreux donateurs et aux achats successifs, l'idée de fonder un nouveau musée ne tarda pas à germer dans les esprits. Les plans, déjà conçus dès 1968, ne prirent leur forme définitive qu'en 1977. Le 28 novembre 1981 fut inauguré solennellement le nouveau musée, situé aux bords de la Lys et tout près du centre de la ville. Ce fut le premier bâtiment à fonction muséale construit en Belgique après la deuxième guerre mondiale. Le musée actuel comprend toujours les deux sections originelles, à savoir la section des arts plastiques et celle des traditions populaires.
Les collections actuelles du "Musée de Deinze et du Pays de la Lys" se constituent, comme prévu lors de la fondation du musée, exclusivement d'oeuvres produites par des artistes qui ont vécu ou travaillé dans la région que traverse la Lys.
Cette restriction géographique, résultant d'un choix conscient et bien réfléchi, empêche toute fragmentation au sein des collections, garantissant unité et cohérence dans un musée de taille plutôt modeste. Il en résulte que, malgré son rayonnement national et même international, le Musée de Deinze reste un musée à vocation régionale.